多年生水生草本植物。萍蓬草的根状茎、根状茎肥厚块状,横卧。叶具长柄,叶二型,浮水叶纸质或近革质,圆形至卵形,长8~17厘米,全缘。基部开裂呈深心形,叶面绿而光亮,叶背隆凸,叶柄圆柱形;基部心脏形。侧脉羽状,数回二歧分叉。叶片表面油绿光亮无毛,背面紫红色而密被茸毛。沉水叶薄而柔软,边缘波浪状。花单生,圆柱状花柄挺出水面,花蕾球形;萼片5枚,倒卵形或楔形,黄色,花瓣状;花瓣10~20枚,狭楔形,似不育雄蕊,脱落;雄蕊多数,生于花瓣以内;子房基部花托上,脱落。心皮12~15枚,合生成上位子房,心皮界线明显,各在先端成1柱头,使雌蕊的柱头呈放射形盘状。花后坐果,浆果卵形,长3厘米;种子矩圆形,黄褐色,光亮。